FISICA INFORMATICA E STATISTICA MEDICA - canale 1

Anno accademico 2020/2021 - 1° anno
Docenti Crediti: 10
Organizzazione didattica: 250 ore d'impegno totale, 180 di studio individuale, 70 di lezione frontale
Semestre:
ENGLISH VERSION

Obiettivi formativi

  • FISICA

    Scopo del modulo di Fisica è l’insegnamento della fisica e della matematica di base con semplici applicazioni a problemi di carattere biomedico. Si vuole ottenere l’omogeneità della preparazione per tutti gli studenti in vista delle conoscenze specifiche loro richieste nel prosieguo del Corso di Laurea. In particolare lo studente dovrà acquisire la conoscenza di alcune leggi e tecniche fisiche basilari per la comprensione dei processi fisiologici ,biologici e medici e dovrà apprendere concetti di base utili all’uso corretto della strumentazione utilizzata in ambito professionale

  • INFORMATICA

    Obiettivo del corso è l’acquisizione di metodi per l’analisi di sequenze e strutture biologiche e per la ricerca in database biologici (es. geni, sequenze, domini funzionali). Partendo da sequenze primarie di acidi nucleici o proteine è possibile ipotizzarne la funzione, la storia evolutiva e la struttura. Gli strumenti utilizzati per raggiungere questi obiettivi sono i database pubblici e i programmi di analisi e visualizzazione.

    1. Conoscenza e capacità di comprensione (knowledge and understanding): Gli studenti acquisiranno una conoscenza sui metodi per l’analisi di sequenze biologiche e per la ricerca in database biologici. In particolare approfondiranno la ricerca su database di sequenze, di domini, ed una buona familiarità con i database pubblici e i programmi di analisi e visualizzazione. Infine gli studenti potranno acquisire gli strumenti di base per l'analisi del trascrittoma.
    2. Capacità di applicare conoscenza e comprensione (applying knowledge and understanding): identificare gli strumenti idonei per manipolare i dati ed estrare la conoscenza sottostante; risolvere problemi attraverso l'uso di software opportuni in ambito bioinformatico.
    3. Autonomia di giudizio (making judgements): Attraverso le esercitazioni guidate, gli studenti acquisiranno le competenze di base necessarie per affrontare l'analisi di nuove sequenze biologiche, ipotizzandone la funzione, studiare il trascrittoma.
    4. Abilità comunicative (communication skills): lo studente acquisirà le necessarie abilità comunicative e di appropriatezza espressiva nell'impiego del linguaggio tecnico nell'ambito generale dell’analisi dei dati biologici.
    5. Capacità di apprendimento (learning skills): il corso si propone, come obiettivo, di fornire allo studente le necessarie metodologie di base teoriche e pratiche per poter affrontare e risolvere autonomamente problemi nell’ambito dell’analisi dei dati biologici.
  • STATISTICA MEDICA

    Il corso intende fornire elementi di base per la descrizione dei fenomeni biologici individuali e collettivi mediante indicatori sintetici, nonchè la capacità di individuare metodologie elementari di analisi di dati numerici


Modalità di svolgimento dell'insegnamento

  • FISICA

    Qualora l'insegnamento venisse impartito in modalità mista o a distanza potranno essere introdotte le necessarie variazioni rispetto a quanto dichiarato in precedenza, al fine di rispettare il programma previsto e riportato nel syllabus.

  • INFORMATICA

    L'insegnamento si svolgerà principalmente mediante lezioni frontali con commistione di teoria ed esercitazioni pratiche.

    Qualora l'insegnamento venisse impartito in modalità mista o a distanza potranno essere introdotte le necessarie variazioni rispetto a quanto dichiarato in precedenza, al fine di rispettare il programma previsto e riportato nel syllabus.

  • STATISTICA MEDICA

    Lezioni frontali con utilizzo di lavagna luminosa e lucidi


Prerequisiti richiesti

  • FISICA

    sono richieste conoscenze elementari di fisica classica, algebra, geometria euclidea e trigonometria

  • INFORMATICA

    Conoscenze di base sull'utilizzo del computer e sulla navigazione in internet.

  • STATISTICA MEDICA

    Capacità di utilizzare operatori algebrici elementari,


Frequenza lezioni

  • FISICA

    Obbligatoria

  • INFORMATICA

    La frequenza alle lezioni è obbligatoria.

  • STATISTICA MEDICA

    Obbligatoria per l'importanza delle informazioni originali fornite nel corso delle lezioni frontali


Contenuti del corso

  • FISICA

    FISICA

    Grandezze fisiche e loro misura – Grandezze fisiche, unità e sistemi di misura, equazioni dimensionali. Strumenti di misura. Errori sistematici ed errori casuali. Media e deviazione standard. Relazioni funzionali e rappresentazioni grafiche. Grandezze scalari e vettoriali. Operazioni tra vettori.

    Richiami di meccanica e nozioni di Biomeccanica – Cinematica. Moto circolare e moto armonico. Quantità di moto. Principi della dinamica. Lavoro. Energia. Potenza e rendimento. Momento. Statica. Elasticità. Statica fisiologica. Fratture ossee (generalità).

    Richiami sui fluidi e applicazioni nei sistemi biologici – Densità. Viscosità. Pressione idrostatica. Statica dei fluidi. Legge di Stevino. Principio di Pascal. Principio di Archimede. Fleboclisi. Trasfusione. Prelievo. Drenaggio. Dinamica dei liquidi ideali. Teorema di Bernoulli. Aneurisma e stenosi. Liquidi reali. Relazione di Poiseuille. Resistenza idraulica e numero di Reynolds, Sfigmomanometria.

    Termometria e termoregolazione – Temperatura e calore. Misura della temperatura. Scale termometriche. Termometri clinici. Principio di equivalenza. Calore specifico. Equilibrio termico. Passaggi di stato. Trasmissione del calore. Bilancio energetico nel corpo umano. Potenza metabolica basale.

    I fenomeni elettrici e bioelettrici – Cariche e campi elettrici. Capacità e condensatori. Corrente elettrica. Leggi di Ohm. Circuiti elementari. Effetto Joule. Circuiti RC. Pacemaker. Defibrillatore. Rischi connessi all’utilizzo dell’elettricità.

    Onde e radiazioni –Fenomeni ondulatori. Periodo e frequenza. Ampiezza ed energia. Onde meccaniche. Il suono. Intensità del suono. Pressione sonora e decibel. Fonendoscopio. Ultrasuoni in medicina. Le onde elettromagnetiche. Lo spettro elettromagnetico. Occhio e visione a colori. Le radiazioni in diagnostica e in terapia. Diagnostica con raggi X. Radioisotopi e medicina nucleare. Radioterapia. Effetti biologici delle radiazioni ionizzanti. Cenni di dosimetria e radioprotezione.

  • INFORMATICA

    Il corso è organizzato in lezioni che prevedono una base teorica affiancata a esercitazioni i per l’apprendimento dell’uso di programmi di analisi e visualizzazione dei risultati.

    PROGRAMMA

    1. Introduzione
    2. Allineamento Pairwise e Multiplo
    3. Banche Dati Biologiche: Banche Dati Generali (NCBI, EMBL), Banche Dati Speciali (OMIM, CIVIC, Drugbank, KEGG Pathway)
    4. Strumenti per l'analisi del Trascrittoma: Microarray, Next Generation Sequencing, Analisi del trascrittoma: Biomarcatori
  • STATISTICA MEDICA

    1. Tipi di dati: numerici, ordinali, nominali

    2. Indicatori descrittivi sintetici: indicatori di tendenza centrale e di variabilità

    3. Principi di calcolo delle probabilità

    4. Teorema di Bayes

    5. Leggi fondamentali di probabilità, Poisson, binomiale, gaussiana

    6.. Test di ipotesi e loro significato

    7. Principali test di ipotesi: t di Student, chi quadrato

    8. Cenni sulla correlazione e regressione


Testi di riferimento

  • FISICA

    FISICA

    D. Scannicchio - Fisica Biomedica - EdiSES, Napoli 2013

  • INFORMATICA
    • Anna Tramontano “Bioinformatica”, Zanichelli
    • Krane, Raymer. “Fondamenti di Bioinformatica” Pearson
    • Jambeck, Gibas “Developing Bioinformatics Computer Skills, O'Reilly
    • Pascarella-Paiardini “Bioinformatica” Zanichelli
  • STATISTICA MEDICA

    BIOSTATISTICA

    M. Pagano, K. Gavreau

    Edizioni Idelson Gnocchi

    In alternativa:

    BIOSTATISTICA

    Wayne W. Daniel, Chad L. Cross

    Edizioni EdiSES

    BIOSTATISTICA

    M. Pagano, K. Gavreau

    Edizioni Idelson Gnocchi


Programmazione del corso

FISICA
 ArgomentiRiferimenti testi
1Grandezze fisiche, unità e sistemi di misura, equazioni dimensionali. Strumenti di misura. Errori sistematici ed errori casuali. Media e deviazione standard. Relazioni funzionali e rappresentazioni grafiche. Scalari e vettori. Operazioni tra vettoriScannicchio Cap. 1  
2Cinematica. Moto circolare e moto armonico.Scannicchio Cap. 2  
3Quantità di moto. Principi della dinamica. Lavoro. Energia. Potenza e rendimento. Momento.Scannicchio Cap. 3 
4Statica. Elasticità.Scannicchio Cap. 4 
5Statica fisiologica. Fratture ossee (generalità)Scannicchio Cap. 5 
6Densità. Viscosità. Pressione idrostatica. Statica dei fluidi. Legge di Stevino. Principio di Pascal.Scannicchio Cap.6 
7Principio di Archimede. Fleboclisi. Trasfusione. Prelievo. Drenaggio. Dinamica dei liquidi ideali. Teorema di BernoulliScannicchio Cap. 6 e 7 
8Aneurisma e stenosi. Liquidi reali. Relazione di Poiseuille. Resistenza idraulica e numero di Reynolds, Sfigmomanometria.Scannicchio Cap. 6 e 7 
9Temperatura e calore. Misura della temperatura. Scale termometriche. Termometri clinici. Principio di equivalenza. Calore specifico. Equilibrio termico. Passaggi di stato.Scannicchio Cap.10 
10Trasmissione del calore. Bilancio energetico nel corpo umano. Potenza metabolica basale.Scannicchio Cap.11 
11Cariche e campi elettrici. Capacità e condensatori.Scannicchio Cap. 17 
12Corrente elettrica. Leggi di Ohm. Circuiti elementari. Effetto Joule. Circuiti RC.Scannicchio Cap. 17 
13Pacemaker. Defibrillatore. Rischi connessi all’utilizzo dell’elettricità.Scannicchio Cap. 17 e 18 
14Fenomeni ondulatori. Periodo e frequenza. Ampiezza ed energia. Onde meccanicheScannicchio Cap. 12 
15Il suono. Intensità del suono. Pressione sonora e decibel. Fonendoscopio. Ultrasuoni in medicina.Scannicchio Cap. 13 e 14 
16Le onde elettromagnetiche. Lo spettro elettromagnetico. Occhio e visione a colori.Scannicchio Cap 20 e 21 
17Le radiazioni in diagnostica e in terapia. Diagnostica con raggi X. Radioisotopi e medicina nucleare. Radioterapia. Effetti biologici delle radiazioni ionizzanti. Cenni di dosimetria e radioprotezione.Scannicchio Cap 25,26  
18Qualora l'insegnamento venisse impartito in modalità mista o a distanza potranno essere introdotte le necessarie variazioni rispetto a quanto dichiarato in precedenza, al fine di rispettare il programma previsto e riportato nel syllabus. 
INFORMATICA
 ArgomentiRiferimenti testi
1Introduzione alla bioinformatica: tipi di dati, problemi, strumenti.materiale didattico fornito dal docente 
2Allineamento pairwise e multiplo: concetti di base, teoria sull'allineamento, formati, algoritmo BLAST e ClustalWmateriale didattico fornito dal docente 
3Attività pratica sull'allineamento di sequenzemateriale didattico fornito dal docente 
4Banche dati biologiche generali: NCBI (Gene, Nucleotide, Protein, SNP, Pubmed), Uniprotmateriale didattico fornito dal docente 
5Banche dati biologiche per la medicina: OMIM, Kegg Pathway, CIVIC, Drugbankmateriale didattico fornito dal docente 
6Altre banche dati biologichemateriale didattico fornito dal docente 
7Attività pratica sulle banche dati biologichemateriale didattico fornito dal docente 
8Cenni sull'analisi del trascrittomamateriale didattico fornito dal docente 
STATISTICA MEDICA
 ArgomentiRiferimenti testi
1Tipi di dati: numerici, ordinali, nominaliM. Pagano, K, Gavreau Biostatistica, Ed. Idelson Gnocchi 
2Indicatori descrittivi sintetici: indicatori di tendenza centrale e di variabilitàM. Pagano, K, Gavreau Biostatistica, Ed. Idelson Gnocchi 
3Principi di calcolo delle probabilitàM. Pagano K. Gavreau Biostatistica, Ed. Idelson Gnocchi 
4Teorema di BayesM. Pagano, K, Gavreau Biostatistica, Ed. Idelson Gnocchi + lucidi 
5Leggi elementari di probabilità, Poisson, binomiale, gaussianaM. Pagano, K, Gavreau Biostatistica, Ed. Idelson Gnocchi + lucidi 
6Test di ipotesi e loro significato M. Pagano, K, Gavreau Biostatistica, Ed. Idelson Gnocchi + lucidi 
7Principali test di ipotesi: t di Student e chi quadratoM. Pagano, K, Gavreau Biostatistica, Ed. Idelson Gnocchi + lucidi 
8Cenni sulla correlazione e regressioneM. Pagano, K, Gavreau Biostatistica, Ed. Idelson Gnocchi + lucidi 

Verifica dell'apprendimento

Modalità di verifica dell'apprendimento

  • FISICA

    Esame scritto, basato su test a risposta multipla con calcoli e colloquio conclusivo sulle discipline del corso integrato.

    La verifica dell’apprendimento potrà essere effettuata anche per via telematica, qualora le condizioni lo dovessero richiedere.

  • INFORMATICA

    L'esame finale consiste in una prova scritta ed un colloquio orale.

    La prova scritta è costituita da esercizi e domande di teoria a risposta aperta (in totale 11) per la durata di 1 ora.

    Chi non supera la prova scritta, non può sostenere l'orale. La prova scritta può essere visionata prima delle prove orali.

    Salvo diversa comunicazione l'esame scritto si svolge alle ore 9:00

    Note:

    • Per sostenere gli esami è obbligatorio prenotarsi utilizzando l'apposito modulo del portale studenti.
    • Non sono ammesse prenotazioni tardive tramite email. In mancanza di prenotazione, l'esame non può essere verbalizzato.
    • La verifica dell’apprendimento potrà essere effettuata anche per via telematica, qualora le condizioni lo dovessero richiedere.
  • STATISTICA MEDICA

    Test a risposta multipla con cumulo dei punteggi a ciascuna risposta. Non viene dato punteggio negativo a risposte non date o sbagliate


Esempi di domande e/o esercizi frequenti

  • FISICA

    Durante il corso verranno svolte prove in itinere di preparazione alla prova di fine corso e verranno svolti in aula dal docente esercizi simili a quelli della prova finale

  • INFORMATICA

    Durante il corso saranno forniti diversi esercizi risolti che verranno pubblicati sul portale studium.unict.it.

    Esercitazioni pratiche in aula faciliteranno la comprensione delle tematiche affrontate.

  • STATISTICA MEDICA

    Lo studente deve sapere individuare in una serie numerica data quale indicatore richiesto é quello corretto tra quelli elencati

    Deve sapere quale valore di probabilità in un esempio numerico dato é quello corretto tra quelli indicati

    Deve sapere individuare quale legge di probabilità è quella giusta in un esempio numerico dato

    Deve sapere quale test di ipotesi va applicato in un esempio dato